ダカールを襲撃するネオジオン残党軍
連邦とネオンジオンの残党軍が市街地戦を繰り広げる中、袖付きの超巨大MAシャンブロがとてつもないビーム兵器で一気に有利な戦況に持っていく。
シャンブロに搭乗するロニ・ガーベイは、更に追い打ちを掛けようとするが、残党軍リーダーのヨンム・カークスは陽動作戦は成功したので、残党軍は撤退していく。
デルタプラスで地球に降下したリディ・マーセナスとオードリー・バーン（ミネバ・ザビ）
リディは父であるローマン・マーセナスにこの戦争を止めて欲しい旨を伝える。
しかし、リディは父よりラプラスの箱の驚愕の事実を知らされる。
その裏で、ローマンは、ビスト財団のマーサ・ビストとオードリー（ミネバ）を引き渡す密約を交わす。
事実をしらされたリディは、オードリーに、マーセナス家とビスト財団は、お互いがラプラスの箱の流出を阻止することで宇宙世紀を生きながらきた合わせ鏡の関係と話す。
箱がネオジオンに奪われるような事態となれば、オードリーを人質として利用するだろう。
そうなるぐらいなら、いっそ箱の鍵であるユニコーンを破壊してしまえばいい・・・半ば、独り言のようにオードリーに話す。
そして、こんな場所に連れてきてしまったオードリーに詫び、この状況下で告白をする、お坊ちゃんのリディ（笑）
しかし、オードリーにすまないと思ったのか、自宅の馬に乗り、軽い逃避行に出てしまう。
オーガスタ研究所にマリーダを連れてくるマーサ・ビストとアルベルト・ビスト。
マリーダに恐怖とトラウマを植え付けるために、被弾した量産型キュベレイを彼女に見せる。
恐怖と当時の状況を思い出させることで、マリーダの精神を掌握しようとする。
ユニコーンと対を成す、黒の死神・バンシィに搭乗させるために。
マーセナスは隠密に元ホワイトベースの艦長ブライト・ノアと会談。
ラーカイラムでガランシェールを探し出し確保するか、ガランシェールに鹵獲された箱の鍵・ユニコーンを破壊してほしいと依頼する。
更に、マーセナスは、息子のリディをブライトの元で預かってほしいと頼む。
その話をしている際、オードリーが脱走したことを知らされる。
オードリーは自身で道を切り開くために前進する。
泣かない奴を俺は信用しない
ガランシェールは地球降下時に、ユニコーンを回収しようと態勢を崩し砂漠に不時着。
不時着により、駆動経路が故障し動かないので、残党軍と合流し、ガランシェールを修理してもらう必要がある。
その連絡係として、残党軍基地に向かうジンネマンバナージ・リンクス。
ギルボアを自分の手で殺めてしまい、後悔の念と共に抜け殻になっているバナージ。
砂漠を歩き続ける中で、ジンネマンはバナージに地獄の過去を話し始める。
ジンネマンや、ガランシェールのクルー、残党軍の家族は地球で連邦によって殺された。
表向きはジオンが暴動を起こしたということになっている。
実際は鬱積が溜まっていた連邦のガス抜きのために起こされた所業であり許せるわけがない。
それでも、バナージは人々は希望を持ち宇宙に出た。
いつか分かりあえる希望があるかもしれない。
二人はこの砂漠の行脚で、何か通じ合う部分を持った気がした。
ミネバ・ザビである
オードリーはマーセナス家を出て、郊外のレストランに寄る。
そこで、初老のマスターと、１年戦争やシャアについての話しをする。
わし等はあなたたちこれからの人になにもしてやれなかった。申し訳ない。
オードリー「私は私の次の世代のための礎となろう」決意。
話を終えると、マーサ・ビストの手の者がオードリーを迎えに来る。
オードリー・バーンを人質とし、ユニコーンを奪うのが狙いだ。
更にマーサは連邦軍が妨害してきた時の対抗措置として、マリーダを利用する。
バナージとジンネマンは、ようやく残党軍の基地に到着。
ガランシェールを回収、修理にはいる。
連邦軍のトリントン基地をユニコーンガンダムは次の座標に示す。
その経緯を袖付きの首魁、フル・フロンタルに報告。
ハマーンの遺産である巨大モビルアーマーを駆るロニ・ガーベイも連邦軍に両親を殺される。
その無念を晴らす為に、トリントン襲撃の任を任せてもらえまいかとフロンタルに頼み込む。
フロンタルは止める権利はないと了承。
ロニが基地に帰還する際、バナージと言葉を交わす。
その時、シャンブロに乗っているのが彼女だとこころに留める。
各地に散らばる残党軍はトリントンを襲撃するよう命令を受ける。
残党軍の兵士や隠されていたズゴックやゾゴック、カプルらの旧モビルスーツが一斉に動き出す。
オードリーに逃げられたリディは、父親の言う通り、ブライト艦長がいるラーカイラムに合流する。
ブライトの部屋にアムロ・レイの額が飾ってある。
アクシスショックで消息を絶ったアムロ・レイ。
アムロがいたら、袖付きは存在しなかったかもしれない。
凄まじい怨念を発出しながら、連邦のMSを破壊していく巨大モビルアーマー・シャンブロ。
空からは、カークスがスナイパータイプのザクで地上を狙撃。
地上と海はシャンブロの圧倒的な破壊力で制圧していく。
市街地はできるだけ、避けようとしたロニだったが、両親の怨念がシャンブロのサイコミユの暴走を引き起こす。
市街地を辺り構わず破壊していく光景を目の当たりにしたバナージ。
バナージ「これは、ただの虐殺じゃないか」
ジンネマン「怨念返しの何が悪い。おれたちの戦争はまだ終わっちゃいないんだ！」
トリントン基地に到着したラーカイラム。
ラーカイラムの援軍として、ロメオ００８（エイト）の３名が駆るジェスタとリディのデルタプラスが出撃。
この惨状を黙認できないとバナージはユニコーンで出ると訴える。
しかし、ジンネマンは、出撃すれば対空砲火に晒され、ユニコーンとて被弾の可能性もある、
“地上の掃除が終わるまで待て”と命令。
納得の出来ないバナージは、ジンネマンと取っ組み合いとなり、何としても降下すると言い張る。
ジンネマンは、フロストらのクルーにバナージを止めるように命じる。
しかし、無差別攻撃への無言の抵抗か、クルーも適当な理由を付けて止めようとしない。
連邦軍は劣勢の戦況下、かつてティターンズのジェリド・メサ中尉が搭乗していた発展型のバイアランカスタムを投入。
ネオジオンのモビルスーツの大半は、１年戦争時のモビルスーツと構成されている。
バイアランとは、スピードも攻撃力も違い過ぎるので、たった１機で３機、５機と瞬く間に撃墜される。
怒りに呑まれるな。
バナージは、ガランシェールのクルーに感謝をし、対空砲火の中、ユニコーンで発進する。
ロニ・ガーベイを止めるために。上空からビームマグナムを撃ちこみシャンブロの進行を足止めする。
邪魔をするなと、ロニはバナージに叫ぶが、これ以上続けたら人ではなくなってしまうから止めてくれ！
ロニ・ガーベイ「連邦になぶり殺しにされた父と母の無念を晴らす為だけに生きている。
箱など開かなくともいい。そんなことで、晴れるほど浅い怨みではない！」
シャンブロの巨大なクローでユニコーン捕獲し、握り潰そうとするが、駆け付けたデルタプラスがユニコーン救出。
バナージはロニを救うべく最後の賭けに出る。
ユニコーンガンダムのコクピットのハッチを開閉し、生身の身体でシャンブロの攻撃を止めようと試みる。
それを見たロニは、自分自身にしていることを、本当に望んでいるのか問いかける。
すると、シャンブロの攻撃が停止。
バナージ、悲しいね
ロメオ００８と、バイアランカスタムの活躍で、連邦軍の攻勢がより鮮明となる。
それを見たカークスはネオジオン全軍に退くように指示。
しかし、既に事態は待ってくれず、カークスもロメオ００８に囲まれ、よもやこれまでと道連れに自爆を試みようとする。
しかし、寸前で防がれて、撃墜される。
最後の家族が奪われたロニ・ガーベイは哀しみと、怒りと共にシャンブロは再び動き出す。
ロニ「連邦に私を守ってくれた人を殺された。もう、私の居場所はここだけだ！」
それでも俺は彼女を止めたいとNT-Dを発動したユニコーンガンダムに想いの全てを託す。
ロニ・ガーベイの呪いのオーラが、バナージのオーラを押し返す。
シャンブロの巨大ビーム砲をかわしながら、リディの指示で飛行形態のデルタプラスに上に乗り、チャンスをうかがう。
ユニコーンのビームマグナムの残弾は１発。
シャンブロとすれ違いざまに同時攻撃を仕掛け、その際にビームマグナムを撃てと指示する。
うわ言ように「ジークジオン、ジークジオン」と言いながら前進するシャンブロ。
その時、ロニの背後にヨンム・カークスの魂があらわれロニに言う。
カークス「俺たちの戦争は終わったよ」と伝えにきた。
しかし、既に怨念にとり憑かれたシャンブロのサイコミユの暴走は止まらない。
バナージ「撃てません！」とビームマグナムを拒否。
リディは、ユニコーンからマグナムを奪い、デルタプラスでシャンブロのコクピットをロニ・ガーベイ諸共撃ち抜く！
誰かがやる必要があた。
シャンブロの動きは停止する。
黒いユニコーン・・
ネオ・ジオン残党軍は連邦軍が掃討する。
これを見て、ガランシェールも空域から脱出。
リディは、バナージに、ユニコーンの捕獲命令が出ている。明け渡せとバナージに言う。
リディ「バナージ、お前さえいなければこんなことにはならなかったんだ」と呟く。
そのとき、空から黒いモビルスーツがユニコーンとデルタプラスに向けて降下してくる。
１本角から角が割れて金色のNT-Dを発動。
「黒いユニコーン・・・」
episode４. fin テーマソング：B-Bird by earthmind
ロニ・ガーベイは自身の宿命に抗おうとする。
リディはマーセナス家の血塗られた宿命に抗うことを諦める。
それでも、バナージ・リンクスとオードリー・バーンは宿命に抗い続ける。
次回 episode５黒いユニコーン・バンシィを駆るマリーダ・クルスとユニコーンに乗るバナージ、二人のニュータイプがアクシズショックを起こす！？