相楽左之助 登場
剣心らは、北海道に函館に全く行きたくなかった三人と（明日郎・阿蘭・旭）三日間掛けて到着。
しかし、到着して早速、逃亡を試みた３人は、北海道に来た闇乃武と再び遭遇。
そこへ、剣心と、日本に帰ってきた髭面の相楽左之助が居合わせる。
分が悪いと、闇乃武の首領は、怨敵、抜刀斎を前にしても退散。
闇乃武まで北海道へ来たことで、剣心は、薫の父親が何かに巻き込まれていると考える。
剣心は左之助に助太刀を申し出る。
左之助「親友の頼みだ。喜んで」と粋な返事。
土方歳三が五稜郭で
左之助は薫とも再会し、二人の間に生まれた剣路にたいそう驚く。
解決したと思った途端に旭は逃亡（笑）
旭は元闇乃武だけに抜刀斎の頃の剣心をよく知っており、闇乃武は、剣心の最愛の人の仇敵。
先ずは、父親の写真が撮られたであろう写真館を調査すると、早速、写真を撮影したという人物に遭遇。
その人物は、現在、函館山で起きていることが恐ろしいことであると言う。
その詳細を説明できる人物が、かつて新月村で剣心が救い、現在は、斎藤一の口利きで警官をしている三島栄次だった。
剣心らは三島栄次からぼろぼろになった斎藤一の刀を見せられ、剣客兵器の脅威をより強くする。
斎藤一の悪・即・斬！
斎藤一と剣客兵器との戦いの顛末を回想。
函館山・山頂で起きた剣客兵器、異號・凍座白也（いてくらびゃくや）と斎藤との決闘。
斎藤は必殺の牙突を凍座に叩きこむが、間一髪で制止されるも、奥の手・牙突 零式を発動！
しかし、それすらも、凍座白也に致命傷を負わせることはできずにいた。
逆に、斎藤一は刀を折られ、更に得体の知れない能力で、左腕も折られてしまう！
それでも、悪即斬の信念の下、一歩も引かない斎藤一。
決闘に、居合わせた三島が割込み、二対一の状況をつくりだし、何とか凍座の捕縛に成功。
しかし、凍座はわざと、捕まったように見える。
三島は剣心に剣客兵器が何を企んでいるのか、凍座から聞き出してほしいと要請。
斎藤は傷の治療のため、温泉地で負傷療養中。
剣客兵器を尋問
父親探しは、薫に任せて、剣心と左之助は凍座を尋問、明日郎と阿蘭は旭探しと各々が分担して事に当たる。
剣心と左之助は、凍座がいる五芒星形、西洋式大城郭・五稜郭の特設牢に向かう。
剣客兵器の目的は、虐殺ではなく、戦闘の最中に対抗出来うる猛者を見つけ出すことが、目的の一つ。
そして、猛者中の猛者である緋村剣心と、凍座白也が対面する。
剣客兵器の祖
凍座は、相手の戦闘力闘姿と称して独自に見極める。
闘姿で相手の背後に動物やら鬼やらの姿を視ることができる。
斎藤一との戦闘時には刀をくわえた狼を視る。
凡庸な相手には豚や猿を視るなど、相手の強者度合いを測るものさしの様な能力。
剣心と凍座は部外者を外し、二人だけの距離を取り対面し、剣心の来訪を心待ちにしていた様子。
相楽左之助や、四乃森碧紫、剣心の師匠、比古清十郎らの剣心の仲間、更には、雪代縁の情報も得ており、強者の情報には余念がない。
剣心は剣客兵器は何者で目的は何かを問う。
凍座は、剣客兵器は、外国勢力にたいする日本の切り札であり、日本は外国の兵器に打ち克つ力を身に付ける必要があると話す。
しかし、いかんせん実戦経験が足りない。
そのために、剣客兵器が更なる実践経験を積むために、函館を戦場に選んだ。
既に動き出している、凍座を含む五人の部隊は剣客兵器の先鋒隊で、函館を占領する隊。
次に兵器が狙いを定めたのが、樺戸集治監（刑務所）。
この目に映る人々
剣客兵器の襲撃により受刑者が次々脱走するも、看守ららでは剣客兵器の力が圧倒的過ぎて成す術がない。
しかし、戦力差があり過ぎて実検の成果は得られず、次こそは死闘を期待すると剣客兵器は看守らに告げる。
剣客兵器の襲撃の本来の目的は、樺戸に収監されていた元十本刀と剣道師範が目的であったと話す。
凍座らの計画と、樺戸集治監の惨状を耳にした剣心は剣客兵器の暴挙を全力で阻止すると凍座に宣言。
飛天御剣流の後継者・緋村剣心の本気と強い意志が伝わってきます！
in English
Sagara Sanosuke Makes an Appearance
Kenshin and the others, including Ashitaro, Aran, and Asahi, reluctantly make their way to Hakodate, Hokkaido, over three days.
Upon arrival, they immediately encounter Yamino Takeshi, whom they had tried to escape from.
In the midst of this, Kenshin and the bearded Sagara Sanosuke, who has returned to Japan, are also present.
Feeling outmatched, Yamino’s leader, faced with the formidable Battousai, decides to retreat.
With Yamino’s presence in Hokkaido, Kenshin suspects that Kaoru’s father may be involved in something sinister.
Kenshin offers to assist Sanosuke, who gladly accepts, saying, “It’s a friend’s request. I’m happy to help.”
Saito Hajime at Goryokaku
Sanosuke reunites with Kaoru, expressing surprise at the bond that has formed between her and Kenshin.
Just when they think the situation is resolved, Asahi tries to escape again.
As a former member of Yamino, Asahi knows Kenshin from his days as Battousai and considers him an enemy.
Kenshin decides to investigate a photography studio where Asahi’s father may have been involved.
They encounter a person who claims to have taken the photograph, mentioning the alarming events happening at Mt. Hakodate.
This individual turns out to be Mishima Keiji, whom Kenshin once saved in Shingetsu Village and who is now a policeman thanks to Saito Hajime’s recommendation.
Mishima shows them a worn-out sword that once belonged to Saito Hajime, emphasizing the threat posed by Kenshin’s prowess as a swordsman.
Saito Hajime Strikes!
They recall the battle between Saito Hajime and the swordsmanship weapon.
At the summit of Mt. Hakodate, a duel takes place between Saito and the swordsman, Itokiri Byakuya.
Despite dealing a deadly blow with his Gatotsu, Saito is unable to land a fatal strike. In return, Saito’s sword is broken, and he is injured, with his left arm fractured by Itokiri’s mysterious ability.
Yet, unwavering in his belief of Aku Soku Zan, Saito stands his ground. Mishima intervenes in the duel, creating a two-on-one situation and managing to capture Itokiri.
However, Itokiri seems to have allowed himself to be captured deliberately.
Mishima asks Kenshin to find out what the swordsmanship weapon is planning, while Saito receives treatment for his injuries at a hot spring resort.
Interrogating the Swordsmanship Weapon
Kenshin entrusts the search for Kaoru’s father to Kaoru, while he and Sanosuke interrogate Itokiri.
Ashitaro and Aran are tasked with finding Asahi.
Kenshin and Sanosuke head to the special prison at Goryokaku, a star-shaped Western-style fortress.
Itokiri’s goal is not massacre but to find formidable opponents during battle.
Finally, Kenshin and Itokiri face off, as Itokiri had been eagerly awaiting Kenshin’s arrival.
Itokiri, along with Shino Morizumi and Kenshin’s comrades like Sagara Sanosuke and Hiko Seijuro, has been gathering information on strong opponents.
Kenshin asks Itokiri who the swordsmanship weapon is and what their goal is. Itokiri explains that the swordsmanship weapon is Japan’s trump card against foreign forces and that Japan needs to develop the strength to overcome foreign weapons.
However, lacking practical experience, the swordsmanship weapon chose Hakodate as a battleground.
The unit led by Itokiri, including several other members, aims to occupy Hakodate and then target the Karafuto Prison, where former Juppongatana and a kendo instructor were incarcerated.
Despite numerous prisoners escaping during the swordsmanship weapon’s attack, the guards are overwhelmed by its power.
However, as the disparity in strength is too great, they cannot obtain any valuable information through interrogation.
The true purpose of the swordsmanship weapon’s attack was to free the former Juppongatana and the kendo instructor incarcerated at Karafuto
Prison. Kenshin declares his determination to stop the swordsmanship weapon’s rampage with all his might, conveying the seriousness of the successor of the Hiten Mitsurugi style, Himura Kenshin!