バナージが袖付きの本拠パラオを脱出
バナージを救い、ユニコーンガンダムを奪還すべく、袖付き（ネオジオン）の本拠地、パラオの軍事施設に
ネェル・アーガマのメガ粒子砲を撃ちこむ。
その混乱に乗じて、奪還する作戦を立てたロンドベル隊。
その作戦の最中に、リディとミネバはこの戦争を止める可能性に賭けて地球へ向かう。
その頃、バナージは隙を見て脱走。
スパイから得たパラオ脱出の地図をたよりにユニコーンを探す。
ミネバとリディは、大気圏突入が可能な可変型モビルスーツ・デルタプラスで、地球に向けて発進する。
アーガマからメガ粒子砲が発射される。
これを機に戦闘開始され、バナージもユニコーンを発見し搭乗。
バナージ「俺とお前は、こんなところにいちゃいけないんだ」
バナージはパラオ基地を脱出。
ネェル・アーガマはガンダムの識別信号を察知する。
ユニコーンを袖付きタイプに改修したドライセンが襲うが、ガトリングガンで撃退される。
リディ少尉、オードリーを頼みます
戦闘状況下で地球へ向かうオードリーとリディとバナージが再会。
リディの父親は連邦軍の高官でありスペースノイド政策の中枢にいる存在。
オードリーはザビ家として、この戦争状況を止め、平和的に解決するために地球に降下する。
話が急すぎて、すぐには理解できないバナージだが、
オードリーに「それが君のやりたいことなのか」と問う。
オードリーがそう答えると、バナージは納得し彼女をリディに任せる。
ユニコーン奪還が目的の為、バナージがアーガマに帰還すれば終了する。
だが、帰還途中にクシャトリヤを駆るマリーダ・クルスと遭遇。
それでもあなたはマリーダさんだ。
ニュータイプとしての勘なのか、クシャトリヤのパイロットがマリーダと認識する。
バナージはマリーダにここは退くように説得を試みるがそれを拒否。
バナージ「このわからずや！」
NT-Dが発動し、本格的な戦闘が始まる。
孤立したユニコーンとクシャトリヤの戦闘は、フロンタルがラプラスの箱の場所を得るために仕掛けた作戦。
バナージに地図を渡したスパイ自身が袖付きの手の者であり、ユニコーンをたやすく奪還できるように警備を緩くしていた。
ラプラスの箱の座標の位置が示されるのは、NT-Dが発動される時のみ。
事前にユニコーンに箱のデータを傍受できるサイコモニターを仕掛けているフロンタル。
強化人間であるマリーダと戦闘状態に入ればNT-Dが発動する可能性が高いとみた巧妙な罠だった。
その戦闘を旗艦レウルーラで見届けるフロンタルとアンジェロ。
そして、マリーダが危険な状況にさらされていることに静かに憤るジンネマン。
クシャトリヤの放出したファンネルが NT-Dの威力で、逆にクシャトリヤ自らに向けられてしまう。
マリーダは、四枚羽でなんとかガードする。
それまでのユニコーンでは考えられない驚異的なスピードと攻撃性を発揮し、ニュータイプを狩ろうとする。
NT-D はバナージの意志とは関係なく、破壊するまで敵を攻撃していく。
ビームサーベルでトドメを刺す刹那、ニュータイプとしての能力、感覚が過去のマリーダを見せる。
バナージは、ＮＴ－Ｄを制することで、マリーダを討つことをギリギリで回避。
彼女は、１２人目の強化人間、プル・トゥエルブ（１２番目のプル）
戦闘形態として強化されたこと、ジンネマンに人として拾ってもらったこと。
ビームサーベルでコクピットを貫く刹那、バナージは我に戻り、ギリギリそれを回避する。
そして、クシャトリヤとマリーダをネェル・アーガマに回収する。
病室で負傷したバナージはマリーダと会話する。
マリーダは、NT-Dを発動したユニコーンの攻撃の中にも、バナージの攻撃を止めろ！という意思を感じる。
お前はいつか自分の意志でユニコーンを動かすことが出来ると、バナージに伝える。
ラプラスの箱が示す次の座標
地球に降下したリディ・マーセナスとオードリー・バーン。
二人は和平を実現するために、リディの父親が待つマーセナス家にむかう。
NT-D 発動後のユニコーンが示したラプラスの箱の座標は、廃墟と化した首相官邸ラプラス。
ラプラスの名を冠する場所だけに有りうる話であると、ロンドベルも袖付きも考える。
アルベルトは、上官であり叔母でもあるマーサ・ビストより、マリーダ・クルスを連れて、地球に降りるよう指示を受ける。
理由は、連邦側の強化人間施設であるオーガスタ研究所で再調整をするため。
ダグザ中佐と共にラプラスの箱の座標に向かうバナージ。
彼は、自分の使命を全うせよと話す。
その使命がオードリーやネェル・アーガマに乗るクラスメイトを守ることでもいい。
自分が正しいと思ったことをしろ、それが多くの人の運命に介在した君の使命だ。
ジンネマンが艦長であるガランシェールはマリーダ奪還のためネェル・アーガマを追跡。
フロンタルもまたラプラスの箱解析のため、レウルーラで別行動をする。
そして、ユニコーンが指定座標に到達する・・・が特に変化はない。
しかし、ユニコーン内部から宇宙世紀元年を祝うラジオ放送が聴こえてくる。
ジンネマンの部隊がマリーダ奪還へ向け、陽動作戦を仕掛けてくる。
ギルボアのギラ・ズールがユニコーンに接近。
ギルボアは目的はマリーダの奪還であることを、バナージに伝える。
シナンジュを駆るフル・フロンタルを中心にユニコーンに NT-Dを発動させる様動き出す。
フル・フロンタル、あんただけは墜とす！
ダグザがコクピット内にいるためそれを気遣い本気を出せないバナージ。
そのため、首相官邸の残骸でダグザは自らユニコーンから降りる。
ダグザ「ユニコーンはジオンを殲滅するだけの殺戮マシーンではない。
乗り手の心を試しながら箱へと導く道標。それはお前のこころが知っている。それを失くすなよ」
そう言い残して、ダグザ中佐は、乗り込んできたシナンジュにバズーカで一撃を喰らわせた後に散る。
ダグザ中佐「お前は 私の希望。託したぞ バナージ！」
バナージ「やったな・・」
バナージは怒りの感情で、初めて自分の意志でNT-Dを発動させる。
大気圏戦闘下でも、自在に動き、フロンタルさえも攻撃を避けることしかできず、バナージはシナンジュを補足する。
バナージ「今度は外さない・・・！」
ビームマグナムを撃ったとき、フロンタルを救出にきたギルボアに間違って命中。
ギルボアの機体は大破してしまう・・・最期のギルボアの声を聞くバナージ。
茫然となるバナージとユニコーンは NT-D も解除されて地球に降下していく。
罪の意識に苛まれながら・・・。
そのユニコーンを追い、ガランシェールも地球に降下していく。
ジンネマンはギルボアの死を知り、唇を噛む。
テーマソング：merry-go-round by CHEMISTRY
次回のepisode４では地球に降下し、連邦軍の基地で戦闘を開始。
超巨大モビルアーマー、シャンブロ出現！
１年戦争時やティターンズ製のモビルスーツの強化型も出てきて目が離せません。