エピソード１ ユニコーンの日
第二次ネオジオン戦争（シャアの反乱）の３年後、UC００９６から物語は始まる。
ラプラスの箱がどんなもので、何ができるのかすら誰にも分からない。
しかし、それを得ることで、連邦軍の権威を転覆させるほどの力を持つと言われている。
その箱の取引が、ラプラスの箱を所有するビスト財団とネオ・ジオン残党「袖付き」との間で秘密裏に執り行われる。
工業コロニー・インダストリアル７から物語は動き出す。
ラプラスの箱がネオ・ジオンに渡れば、再び大きな戦争が起こる。
「ジオンの姫君」ミネバ・ラオ・ザビがその取引を止めようと、巡洋艦であるガランシェールから脱出する。
コロニーの空から落ちてくるミネバを救ったバナージ・リンクス。
二人のめぐり逢いは必然だった。
ミネバの名前は迂闊に出せないので、咄嗟にオードリー・バーンと旧世紀の有名女優の名を語る。
財団へ向かう途上、オードリー奪還へ袖付きのマリーダ・クルスらの妨害に合うが、なんとか切り抜ける。
ビスト財団邸をバナージはかつて知っていた感覚に陥る。
バナージはオードリーの力になりたいと訴えるが、深入りすればバナージが危険な目に遭うと拒否。
ビスト財団頭首のカーディアン・ビストに会い、ラプラスの鍵の譲渡を止めさせようとするが、オードリーの願いは受け入れられず。
俺は彼女に必要とされたいだけなんだ！
ミネバの行動もあり、ビストは警戒したのか、結局、財団と袖の交渉は決裂。
ロンドベルも袖付きの交渉に我慢が出来ずに、遂に戦闘の戦端を切ってしまう。
インダストリアル７が戦場と化してしまう。
ロンドベルのＭＳリゼルと袖付きのクシャトリヤらのモビルスーツがコロニー内で戦闘を開始。
バナージは、ビスト財団邸にいるオードリーを案じ、再び向かう。
しかし、彼女は既に脱出した後だった。
バナージは、燃え盛る財団の中で、ガーディアン・ビストとユニコーンガンダムに遭遇。
ビストは、彼女を守りたいと訴えるバナージの目の光に希望を託す。
バナージは、実の父親であるビストよりラプラスの箱の鍵であるユニコーンガンダムを託される。
炎が渦巻く中に消えていく父親を見て、自身の涙と共に、彼が自分の父親と気づくバナージ。
ビスト財団邸にあった「貴婦人とユニコーン」のタペストリーがコクピットの眼前に拡がる。
バナージはオードリーを守りたい一心で、ユニコーンガンダムと共にすることを決意する。
ユニコーンは、目の前に出現しクシャトリヤもろとも宇宙へ飛び出す。
そして、クシャトリヤが放つファンネルを前にユニコーンのNT-Dが発動。
「ガンダム・・・」オードリー・バーンは呟く・・・
テーマソング：「流星のナミダ」 CHIAKI KURIYAMA
エピソード２ 赤い彗星
ユニコーンガンダムは、ニュータイプ（強化人間も含む）を感知する。
すると、NT-D ニュータイプデストロイモードを発動。
全身がサイコフレームと化し、頭頂部の角が１本から、２本に角割れし「ガンダム」となる
NT-D発動時は、コクピット内のパイロットの能力は関係ない。
ユニコーン ガンダムは敵MSを撃つためだけに人智を超えた動き、能力を発揮する。
ネオジオン最強のMS・クインマンサをダウンサイジングしたクシャトリヤ
強化人間でもあるマリーダでさえもあえなくユニコーンの前にあえなく撤退する。
しかし、NT-D状態は長くは保てず、限界稼働時間は僅か５分と言われている。
NT-Dの状態が解けると、ユニコーンは一時的に完全に起動停止してしまう。
ユニコーンの停止と同時にバナージも意識を失う。
フロンタルは、シャアの再来？
ジンネマンがフロンタルに、ラプラスの箱の奪取の失敗を報告。
フロンタル「過ちを気に病むことはない。只、認めて次の糧にすればいい。それが大人の特権だ」
ロンドベルの旗艦、ネェル・アーガマがユニコーンを回収。
連邦軍の別動隊であるエコーズも合流。
エコーズのダグザ・マックール中佐は言う。
袖付きはこの混乱の最中、ロンドベルがラプラスの箱を回収したと考えており、再び、襲撃してくる。
ユニコーンのハッチを開けようと技術班は苦心するがなかなか開けることができない。
ユニコーンは秘密裏に製造されているため、詳細を知る人間は少ない。
アナハイムエレクトロニクスも「UC計画」を知られたくないため、厳重にロックしている。
ユニコーンガンダムを、アナハイムがあるルナツーへ運ぶ事をアルベルトが進言。
ようやく、ハッチが開くと、こんな少年がガンダムを操縦していたことに全員が驚く。
意識が朦朧のバナージにどういった経緯でユニコーンに乗ることになったのかダグザが問い詰める。
袖付きは、ユニコーン奪取のために、フル・フロンタル自ら、赤い彗星を彷彿させるモビルスーツ・シナンジュでネェル・アーガマを襲撃。
フロンタル「見せてもらおうか、新しいガンダムとやらの性能とやらを！」
シナンジュは、１機にも関わらず、圧倒的な戦闘力でロンドベル側のMSを５機も撃破。
アーガマの援護射撃があるにも関わらず通常の３倍の動きをするシナンジュに手も足も出ない。
絶望的な状況下、ダグザ中佐はオードリー・バーンが、ミネバ・ザビと気付く。
そして、フロンタルにザビ家の遺児・ミネバを差し出す交換条件にこの宙域から撤退するよう交渉する。
しかし、フル・フロンタルも条件を出す。
撤退条件に、ラプラスの箱の鍵の媒介であるユニコーンを差し出すよう条件を提示する。
断れば、アーガマを撃つと返答。たとえ、艦にミネバが乗っているのに関わらずだ。
ミネバは、フロンタルがシャアならば、親の仇であるザビ家の遺児を大事にするわけがない。
ラプラスの箱の可能性のあるユニコーンを今のうちに破壊するようダグザに逆提案する。
そうしなければ、フロンタルに全てを奪われると話す。
ミネバはアステロイドベルトまで行った人間。
女帝ハマーン・カーンに育てられただけに、生半可な強さではない。
結局、フロンタルとの交渉は決裂。
再度強襲してくるフロンタルに、オードリーを守るためバナージは再びユニコーンへに乗り込む。
しかし、ユニコーンの持つビームマグナムは尋常ならざる破壊力を有すが、シナンジュには全く当たらない。
フロンタル「当たらなければどうと言うことはない」
ユニコーンはフロンタルのニュータイプに感応して、NT-Dを発動する
しかし、バナージも少し慣れたのか、なんとか意識を正常に保つ。
NT-D 発動後のユニコーンガンダムの速度も射撃の精度も圧倒的に上がる。
リディ・マーセナスの駆るリゼルと共にシナンジュを挟撃して追い詰める。
しかし、そこに四枚羽ことクシャトリヤが出現。
クシャトリヤに不意を突かれ、ユニコーンはコクピットに強烈な一撃を見舞わる
そのショックで、NT-Dは強制停止し、バナージも意識を失う。
そして、そのままユニコーンガンダムと共に、ネオジオンの拠点、パラオに連れ去らわれてしまう・・・・
あなたはシャア・アズナブルなんですか？
オードリーの正体を知ったリディは、戦争が勃発した責任をとってみろとオードリーを問い詰める。
しかし、ミネバは動じず冷静に動きだした戦況を話し始める。
これまで、腐敗した連邦とネオ・ジオンは互いに戦争を起こし、宇宙のバランス調整をしてきた。
しかし、この関係をこれ以上続けては危険と察知した連邦軍がジオンとの関係を清算しようとする。
そのため、バランス調整の中心だったビスト財団のラプラスの箱の奪い合いが起こったのではないか。
その話を聞いたリディはミネバとの別れ際に呟く。
リディ「君とは、別の所で会いたかった」
袖付きに囚われたバナージはネオジオンの拠点であるパラオに連行される。
バナージ・リンクスにフル・フロンタルが問う。
何故君がユニコーンガンダムを託された？ そして、箱の在処をしっているのか？
しかし、バナージは知っていることも知らないこととで通す。
逆にバナージはフロンタルにストレートに問う。
バナージ「あなたはシャア・アズナブルなんですか？」
フロンタル「私はジオンの理想を継ぐ者たちの宿願を受け止める器彼」
フロンタル「彼らがそう望むならシャア・アズナブルになろう。このマスクはそのためのものだ」
ロンドベルとエコーズもユニコーン奪還に動き出す。
バナージは、袖付きの兵士であるギルボアの家族とマリーダの元に連れていかれる。
だが、捕虜としては監視は緩くロンドベルの現地スパイと接触し脱出作戦を知る。
しかし、これはフロンタルがユニコーンの秘密を探ろうと、敢えてバナージを泳がせていた。
一方、ネェルアーガマ内では、リディが行動を起こす。
ミネバに「地球に来てくれ」と打ち明ける。
パラオにいるバナージは作戦をしり呟く。
バナージ「またここも戦場になるのか・・・」
テーマソング：Everlasting by Kylee