黒いユニコーンガンダム。
シャンブロを破壊したリディのデルタプラスと、バナージのユニコーン。
２機の上空からＮＴ－Ｄモードの黒いユニコーンが攻撃しながら降下してくる。
ロニ・ガーベイの死で戦意喪失のバナージが黒いユニコーンの突進を止める術はなかった。
ラーカイラムに移送されたユニコーンとバナージ。
バンシィと言う名の黒いユニコーンから降りてくるマリーダ・クルスを見て驚きを隠せない。
ビスト財団で再調整されて、マリーダではなく、プル・トゥエルブ（１２）として戦場に帰還。
ラプラスの箱の座標軸の場所を分かっていながらひた隠すバナージ。
箱の場所を知る必要があるマーサ・ビスト。
ミネバ・ザビ（オードリー・バーン）にバナージを懐柔してもらうように協力を要請するが、ミネバには同意しない。
ブライトがバナージに問う
ブライト・ノア艦長がバナージと二人だけで会話する。
ブライト「諦めるな。君の目には困難を糧に出来る強い力を感じる」
ブライト今までのガンダムのパイロットたちもそこに “ガンダム” がいたのは偶然だ。しかし、乗ることを決めたのは自身の意志だ」
バナージ「オードリーを助けたい」本心を打ち明ける。
ブライトは、アムロ・カミーユ・ジュドーというガンダムの歴代のパイロットを見続けてきた。
本ニュータイプと接してきたことで、バナージにも彼らと同じような何かを感じる。
ビスト財団はラプラスの鍵であるユニコーンを奪回せんがために、ロンドベルに仕掛ける。
ここでビスト財団にユニコーンを奪われると、更に財団と連邦軍の癒着が深まる。
そうなると同じ軍需産業であるルオ商会は面白くない。
そこで、ブライトはかつての仲間、カイ・シデンに連絡を入れる。
ジンネマン率いるガランシェール隊にビスト財団のユニコーン奪回を阻止を依頼する。
ジンネマンも、箱の鍵であるユニコーンをそのままに捨て置くわけにもいかない。
更に、ミネバ及びマリーダ奪回のチャンスでもあるので、カイの話に乗る。
奪還行動を起こす際の条件として、ベースジャバーを１機用意することを依頼。
宇宙へ上がった時は、ロンドベルのネェルアーガマが手を貸してくれると聞く。
グリプス戦役は、連邦がティターンズとエゥーゴに分かれ、そこにアクシズ（後のネオジオン）が参戦。
第一次ネオジオン抗争は、エゥーゴ（連邦軍）とネオジオン軍が抗争し、終盤にネオジオンが仲間割れ。
ユニコーンの引き渡しのためにガルダに移送されるバナージ。
その途上でリディ・マーセナスの姿を見かけ、地球に降りたオードリーはどうなったのかを問い詰める。
それに答えることも反論も出来ないリディ。
ブライトは、バナージに密かに作戦の真意を伝える。
ユニコーンを守るため、オードリーを救うために、ガランシェール隊と協力し、宇宙に上がりネェルアーガマに合流するように話す。
バナージ「やります」と力強く応える。
ブライト・ノアは歳を経るごとに、より頼れる艦長であり大人になります。
リディも自身の手で、大切な人であるミネバ奪還を目論み、デルタプラスで出撃する。
ユニコーンとバンシィが激突
ユニコーンに乗るバナージを、バンシィを駆るマリーダがガルダへ向けて護送する。
バナージがマリーダとして必死に呼びかけるが再調整されたプルトゥエルブには届かない。
遂に、ユニコーンを奪回をせんと、ガランシェール隊、ビスト財団と戦闘開始。
武装解除されているユニコーンは、逃げ回りつつガルダと距離を詰めていく。
純粋なニュータイプではない強化人間は、再調整をしても何かの強烈な弾みで過去の記憶がフラッシュバックする。
バナージ「あなたのマスターはガランシェールのジンネマン大尉だ！」
マリーダに必死に呼びかけて心を揺さぶる。
その心の乱れとユニコーンと闘うことで、バンシィのＮＴ－Ｄが作動してしまう。
一方で、リディとジンネマンがガルダに乗り込み、ミネバ奪還に動き出す。
ラプラスの箱の真相を知ったリディは、この戦争が自分の手に負えないことを理解する。
ただ、ミネバ、君だけは救いたいと呼びかけるも、ミネバには響かない。
ガルダの上では、ユニコーンとバンシィが接触することで強烈なサイコウェーブが発生。
艦内内部にも影響を及ばし始める。
この間隙を縫って、ジンネマンが行動を起こし、ミネバをビスト財団から引き離すことに成功。
リディが差し伸べる手を振り払って、バナージ・リンクスを信じるミネバ。
オードリー「さようなら、リディ、あなたのことは忘れない」
ガルダから飛び降り、身を投げ出すオードリー（ミネバ）
オードリー「バナージ、受け止めなさい」
ミネバの呼びかけを感じ取ったバナージ・リンクス。
バンシィを躱して、ＮＴ－Ｄを発動し、見事にミネバを受け止める。
宇宙でフロンタル待ち構える
バナージはバンシィを喰いとめるために、マリーダ奪還のためにガルダへ戻る。
混乱の最中、リディのデルタプラスはバンシィに破壊されてしまう。
再調整後のマリーダは正気に戻らない。
そのとき、ジンネマンが生身の身体でバンシィの前に立ちはだかり絶叫する。
ジンネマン「（マリーダ）俺を独りにするなぁ！」
その言葉が引きがねとなり、マリーダは様々な記憶がフラッシュバック。
遂にバンシィの呪縛が解け、本来のマリーダ・クルスを思い出す。
ミネバとマリーダの奪還に成功したユニコーンとガランシェール。
宇宙へ向かうが、度重なる戦闘と大気圏突入でガランシェールも損傷が激しく自力で宇宙へ上がるパワーが残っていない。
ならば、ユニコーンガンダムがネェルアーガマから射出されたテザーケーブルとガランシェールを自力で繋ぎ合わせようとするが、僅かに届かない。
そのとき、バナージの元に、ダグザとギルボアが手を差し伸べてくれたように見える。
ユニコーンのＮＴ－Ｄは赤い発光ではなく、地球と宇宙を包み込むようなあたたかい緑色を発光。
ネェルアーガマとグランシェールのテザーケーブルを繋ぎ、宇宙へ上がっていく。
このサイコフレームの光が、真の宇宙世紀１００年を締めくくらんとするユニコーンの光と信じたい。
リディ「ガンダム・・・！」一人ガルダに残されたリディはガンダムとバナージへの復讐を決意する。
宇宙に上がると、味方であるはずの連邦軍のゼネラルレビルが襲撃してくる。
ネェルアーガマを墜とすことでユニコーンと箱の存在を有耶無耶にしてしまおうという武力行為。
ユニコーンガンダムもパワーを使い果たし、万事休すかと思われた時。
袖付きのモビルスーツ、ローゼンズールとシナンジュが連邦軍のＭＳを撃破！
シナンジュを駆る、フル・フロンタルが微笑う。
テーマソング：BROKEN MIRROR by BOOM BOOM SATELLITES